У перші роки Інститут існував у складі трьох секторів:

• історії України епохи феодалізму;
• історії України епохи капіталізму та імперіалізму;
• історії України радянського періоду.

Структура установи на 1 січня 2004 року така:

• 1) відділ історії України середніх віків та раннього нового часу з центрами — вивчення історії Київської Русі; вивчення проблем соціальної історії; Науково-дослідний інститут козацтва;
• 2) відділ історії України 19 — початку 20 століття;
• 3) відділ історії Української революції 1917—1921 років;
• 4) відділ історії України 20—30-х років 20 століття з центром дослідження геноциду українського народу;
• 5) відділ історії України періоду Другої світової війни;
• 6) відділ історії України другої половини 20 століття;
• 7) відділ новітньої історії і політики;
• 8) відділ всесвітньої історії і міжнародних відносин;
• 9) відділ української історіографії;
• 10) відділ спеціальних історичних дисциплін;
• 11) відділ історико-краєзнавчих досліджень;
• 12) відділ регіональних проблем історії України — з 1 травня 2012 року — Відділ історичної регіоналістики Інституту історії НАН України.
• 13) кабінет українсько-грецьких відносин;
• 14) комп'ютерно-видавничий відділ;
• 15) науково-інформаційний відділ.

• Смолій Валерій Андрійович — директор (з грудня 1993);
• Реєнт Олександр Петрович  — заступник директора з наукової роботи (з 1994);
• Боряк Геннадій Володимирович — заступник директора з наукової роботи (з 2009);
• Рубльов Олександр Сергійович — вчений секретар інституту (з 1996).

Збірники документів

• Україна і Польща 1920—1939 рр.: З історії дипломатичних відносин УССР з Другою Річчю Посполитою: Документи і матеріали / НАН України. Інститут історії України; упорядкування, коментарі, вступна стаття: Н. С. Рубльов, О. С. Рубльов. — Київ: Дух і літера, 2012. — 624 с. ISBN 978-966-378-235-5
• 1937 опубліковано 1-й вип. «Нарисів з історії України» (усього було видрукувано 6 вип.: вип. 1–4, 8, 11; 1937—44);
• 1940 побачила світ «Історія України: Короткий курс»;
• 1939 видано 1-й том «Історії України в документах і матеріалах» (усього видрукувано 3 т.; 1939—46);
• 1942 опубліковано «Нарис історії України»;
• 1943 — «Історію України, т. 1» та 1-й т. Наукових записок Інституту історії АН УРСР (всього видрукувано 13 т.; 1943–60) та ін.

Періодичні видання

• Український історичний журнал;
• Україна в Центрально-Східній Європі;
• Проблеми історії України XIX — початку XX ст.;
• Проблеми вивчення історії Української революції 1917—1921 рр.;
• Сторінки воєнної історії України;
• Україна XX ст.: культура, ідеологія, політика;
• Спеціальні історичні дисципліни: питання теорії та методики;
• Проблеми історії України: факти, судження пошуки;
• Історіографічні дослідження в Україні;
• Український історичний збірник;
• Міжнародні зв'язки України: наукові пошуки і знахідки;
• Чорноморська минувшина;
• Соціум. Альманах соціальної історії;
• Ruthenica;
• Ейдос.

• А. Х. Сараджев (1936);
• С. М. Бєлоусов (1936—1941);
• чл.-кор. АН УРСР М. Н. Петровський (1942—1947);
• О. К. Касименко (1947—1964);
• К. К. Дубина (1964—1967);
• академік АН УРСР А. Д. Скаба (1968—1973);
• чл.-кор. НАН України А. Г. Шевелєв (1973—1978);
• академік НАН України Ю. Ю. Кондуфор (1978—1993);
• з грудня 1993 — академік НАН України Валерій Андрійович Смолій.

• Рубльов О. С. Інститут історії України НАН України Архівовано 10 серпня 2016 у Wayback Machine. // Енциклопедія історії України. — К. : Наукова думка, 2005. — Т. 3 : Е — Й. — 672 с. — С. 490—494.
• Комаренко Н. В. Установи історичної науки в Українській РСР (1917—1937 рр.). — К., 1973.
• Інститут історії України: нове українське відродження / Ірина Колесник; НАН України, Ін-т історії України. — Київ : Ін-т історії України, 2016. — 273 с.; 25 см. — (Серія «Студії з інституціональної історії» / редкол.: В. Смолій (голов. ред.) та ін. — ISBN 978-966-02-8028-1). — Бібліогр. в підрядк. прим. — Покажч. імен: С. 269—273. — 100 пр. — ISBN 978-966-02-8063-2.
• Інститут історії України НАН України. 1936—2006. — К., 2006. — 818 с.
• Історики та історії. До 75-річчя Інституту історії України Національної академії наук України (1936—2011) / НАН України. Інститут історії України. — К., 2011. — 22 с.
• Ясь О. В.  «На чолі республіканської науки…». Інститут історії України (1936—1986): Нариси з інституціональної та інтелектуальної історії (До 80-річчя установи) / Вступне слово та наук. ред. В. Смолія. — Київ, 2016. — 542 с.  
• Смолій В., Ясь О. Як навчити громадянина мислити. Неювілейні думки. До 150-річчя з дня народження Михайла Грушевського  та 80-річчя Інституту історії України Архівовано 7 листопада 2016 у Wayback Machine.  // Урядовий кур'єр, 2016. — 4 листопада. — № 207. — С. 6.  

• Бібліотека імені Ольжича
• Науково-дослідна кафедра історії України при ВУАН
• Історично-археографічний інститут ВУАН

• Офіційний сайт Інституту історії України НАН України Архівовано 23 червня 2007 у Wayback Machine.
• Офіційна facebook-сторінка Інституту історії України НАН України Архівовано 11 квітня 2019 у Wayback Machine.
• Структура Інституту історії Архівовано 22 грудня 2019 у Wayback Machine.