Закінчив класичну гімназію в і вступив до Єнського університету, навчався також в Геттінгені. У числі його вчителів були математик Бернгард Ріман та фізик Вільгельм Едуард Вебер. У березні 1861 Аббе захистив дисертацію в Геттінгенському університеті і протягом двох років викладав фізику у Фізичному товаристві Франкфурта-на-Майні, давав приватні уроки. У 1863 отримав посаду приват-доцента, лектора з математики, фізики та астрономії в Єнському університеті.

У 1866 Карл Цайс запропонував співпрацю молодому фізику. Він хотів поставити виробництво мікроскопів та інших оптичних приладів на потік і вважав за необхідне створити наукові основи приладобудування. Аббе прийняв запрошення. Розроблена ним теорія формування зображень несамосвітних об'єктів включала найважливіший принцип — «умову синусів», яка пов'язана з обмеженнями на співвідношення фокусних відстаней об'єктиву і окуляра і довжину трубки мікроскопа. Аббе ввів поняття «числової апертури», що зв'язує справжню апертуру об'єктиву з показником заломлення скла і довжиною хвилі випромінювання. Обидва ці принципи виявилися справедливими стосовно до електронних мікроскопів, створених у 1930-х.

Аббе сконструював цілий ряд оптичних приладів: в 1867 — фокометр (прилад для вимірювання фокусних відстаней), в 1869 — апертометр (прилад для вимірювання апертури) і рефрактометр (вимірювач показника заломлення), які й нині носять його ім'я. Активно займався також виготовленням оптичних скелець. У 1874 Аббе створив ряд нових марок оптичного скла, в 1879 познайомився з фахівцем зі скла Шоттом і в 1884 спільно з ним та Цайсом заснував склохімічну лабораторію.

Успіхи Аббе в розробці теорії практично придатних оптичних приладів сприяли тому, що в 1876 Цейс зробив його своїм повноправним партнером. Крім різних мікроскопів, підприємство випустило ряд інших приладів: пристрої для підсвітки до мікроскопа (в Англії такий пристрій називається просто «Аббе»), рефрактометри Аббе тощо. До 1886 відноситься тріумф фірми — створення апохроматичних лінз, що носять назву конденсорів Аббе.

Після смерті Цейса в 1888 і відходу з фірми його сина в 1891, Аббе став фактично господарем підприємства. Тут він знову проявив свої схильності до експериментування, заснувавши Товариство «Карл Цайс». Підприємство успішно розвивалося, а його статут, розроблений Аббе, згодом ліг в основу соціального законодавства Пруссії. Аббе заповів «Товариству» свої заощадження, а частину прибутку регулярно передавав університету Єни.

Аббе був удостоєний численних титулів і почесних ступенів. У 1873 він був обраний членом Академії натуралістів в Галле, у 1878 — почесним членом Королівського товариства мікроскопістів у Лондоні, в 1879 — почесним професором Єнського університету, в 1882 — почесним членом Бельгійського товариства мікроскопістів у Брюсселі. У 1883 університет Галле — Віттенберга присвоїв йому ступінь почесного доктора медицини, а в 1884 король Пруссії нагородив орденом Білого Сокола 1-го ступеня. У 1896 Аббе був обраний членом-кореспондентом Академії наук в Берліні по відділенню фізики і математики; в 1899 — членом Королівського фотографічного товариства Великої Британії; в 1900 — іноземним членом-кореспондентом Австрійської академії наук у Відні; в 1901 — почесним членом Саксонської академії наук і почесним членом Геттінгенської академії наук; членом-кореспондентом Комітету оптичних стандартів у Бірмінгемі; в 1903 — почесним членом Товариства природознавства в Дрездені і почесним членом Королівського ордена науки і мистецтва в Баварії.

He будучи соціал-демократом, Аббе був переконаний у необхідності співпраці всіх класів суспільства. Ставши в 1888 році єдиним власником фірми, Аббе перетворив її в підприємство, правління якого складалося з представників держави, міста Єни, університету і самих робітників. Аббе детально і ретельно виклав в статуті мету і завдання підприємства, права і обов'язки всіх співробітників. Значне місце в статуті займали питання соціального характеру. Встановлювалися 8-годинний робочий день, 12-денна щорічна відпустка, пенсійне забезпечення тощо. Кожен службовець, від директора (самого Аббе) до робітника, отримував заробітну плату і частку від прибутку, відповідну його річному заробітку, але максимальний оклад будь-якого співробітника не повинен був перевищувати мінімальний більш ніж у десять разів. З прибутків підприємства відраховувалася значна частка на наукові дослідження, інші — на просвітницькі завдання, на забезпечення самого підприємства у разі несприятливого перебігу справ. За життя Аббе і пізніше з цих фондів були побудовані чудова фізична лабораторія для Єнського університету, що обійшлася йому в 500 тисяч марок, народний будинок з читальнями і залами для концертів та лекцій, зразкова міська бібліотека, дитяча лікарня, санаторій, стадіон, басейн, оптичний музей, планетарій, притулок для дітей робітників. З цих же коштів платилися великі суми лекторам «Народного університету». За сучасною термінологією підприємство «Карл Цейсс, Єна» стало для Єни справді «містотвірним».

• «Neue Apparate zur Bestimmung d. Brechungs und Zerstreuungsvermögens fester und flussiger Körper» (8, Йена, 1874). (нім.)
• «Beiträge zur Theorie d. Mikroscops und mikroscopischer Wahrnehmungen» («Arch. Mikrosc. Anatomie», 1873, 9). (нім.)
• «Neue Beleuchtungs Apparate» (ib., 1873, 9). (нім.)
• «Relations of aperture and power of mikroscop» («Montly Microscop. Journal», 1882 и 1883). (англ.)

• Число Аббе
• Призма Аббе
• Рефрактометр Аббе
• 5224 Аббе^[5]

• Українська радянська енциклопедія. — 2-е видання. — Т. 1. — К., 1977. — С. 8.
• Енциклопедія Кругосвіт: Ернст Аббе (рос. )
• Statut der von Ernst Abbe errichteten Carl Zeiss-Stiftung zu Jena. — Jena, 1906. — 54s.
• Колчинский И. Г., Корсунь А. А., Родригес М. Г. Астрономы: Биографический справочник. — Киев: Наукова думка, 1977.
• Храмов Ю. А. Фізики: Біографічний довідник / Під ред. А. И. Ахиезера.. — Видання друге, — М.: Наука, 1983. — С. 5.
• Гуриков В. А. Эрнст Аббе (1840—1905)(рос.) / Відповід.ред. І. І. Пахомов. — М.: Наука, 1985.-157 с. з іл.
• Забіякин Ю. Е. Эрнст Аббе (рос.)// Оптико-механічна промисловість. — 1990. — № 11. — С.80-82.

• Аббе, Ернст Карл // ВУЕ